Er zijn in Nederland ook beschermde gebieden die niet behoren tot het Natura 2000-netwerk. Bescherming daarvan is geregeld in een algemene maatregel van bestuur op basis van de Wet ruimtelijke ordening (zie het Besluit algemene regels ruimtelijke ordening, titel 2.10: Natuurnetwerk Nederland).

Daarnaast kunnen in gemeentelijke bestemmingsplannen (die ook berusten op de Wro) beschermende bepalingen voor bomen/groengebieden zijn opgenomen.

Ook de inhoud van de Wro zal – in aangepaste vorm – in 2021 overgaan naar de Omgevingswet. Het bestemmingsplan wordt dan omgedoopt tot omgevingsplan.