Na het vaststellen van het bestemminsplan dat de uitbreiding van Madurodam mogelijk heeft gemaakt, heeft Madurodam een kapvergunning aangevraagd en verkregen om 38 bomen op het huidige terrein te kappen en 2 bomen te verplanten. De Bomenstichting Den Haag is het niet eens met de kapvergunning en heeft bezwaar aangetekend. Belangrijke argumenten zijn de onzekerheid over de te bouwen paviljoens en ecowal. Ook de berekeningen voor de stikstofdepositie op de nabijgelegen Natura2000-gebieden heeft niet volgens de regels plaatsgevonden, zodat er nu geen zekerheid bestaat dat de natuurlijke kenmerken van de gebieden niet zullen worden aangetast. Daarnaast is de compensatie ronduit gebrekkig te noemen. Tot slot ontbreekt de natuurkansenscan en heeft de afweging van de belangen niet zorgvuldig plaatsgevonden.